菏泽学院城市建设学院

建筑学

地理信息科学

土木工程

菏泽学院化学化工学院

环境科学与工程

能源化学工程（校企合作，与山东东明石化集团公司合作）

化学（师范类）

化学工程与工艺

菏泽学院机电工程学院

机械电子工程

自动化

机器人工程

智能制造工程

菏泽学院计算机学院

物联网工程（校企合作，与达内时代科技集团公司合作）

计算机科学与技术（校企合作，与山东骏文信息科技公司合作）

计算机科学与技术（校企合作，与慧与软件人才产业基地合作）

计算机科学与技术（校企合作，与达内时代科技集团公司合作）

菏泽学院教师教育学院

心理学（师范类）

特殊教育（师范类）

小学教育（师范类）

菏泽学院马克思主义学院

思想政治教育（师范类）

菏泽学院农业与生物工程学院

生物科学（师范类）

食品科学与工程

园艺

设施农业科学与工程

生物工程

菏泽学院人文与新闻传播学院

汉语言文学（师范类）

历史学（师范类）

广告学

广播电视学（校企合作，与山东新视觉数码科技公司合作）

菏泽学院商学院

财务管理

经济学

金融工程

物流管理

菏泽学院数学与统计学院

数学与应用数学（师范类）

数据科学与大数据技术（校企合作，与中科特瑞科技公司合作）

统计学（校企合作，与北京中科特瑞科技公司合作）

菏泽学院外国语学院

英语（师范类）

商务英语

日语

菏泽学院物理与电子工程学院

电子信息科学与技术

电气工程及其自动化

物理学(中外合作办学)（师范类）

菏泽学院药学院

药学（校企合作，与山东睿鹰制药集团公司合作）

制药工程

生物制药

菏泽学院政法学院

劳动与社会保障

知识产权

信用风险管理与法律防控

菏泽学院体育与健康学院

健康服务与管理

体育教育（师范类）

武术与民族传统体育

菏泽学院美术与设计学院

美术学（师范类）

视觉传达设计

环境设计

书法学

动画

产品设计

菏泽学院音乐与舞蹈学院

音乐学（师范类）

舞蹈学

音乐表演

舞蹈学（体育舞蹈男方向）

舞蹈学（体育舞蹈女方向）